Jouxtant la monumentale Tour de l'Horloge et adossé à la base navale active de Toulon (le plus grand port militaire d'Europe), ce musée est l'une des antennes décentralisées du Musée national de la Marine (Paris). Véritable mémoire de l'arsenal toulonnais, l'établissement illustre de manière exhaustive l'histoire de la Marine française en mer Méditerranée, depuis sa structuration sous le règne de Louis XIV (à l'instigation de Colbert et Vauban) jusqu'aux opérations maritimes contemporaines. Le parcours muséographique met en valeur l'évolution architecturale du port, les techniques de construction navale, ainsi que la vie quotidienne des marins et des ouvriers de l'arsenal à travers les siècles.