Géré sous l'égide du Conseil départemental de la Haute-Garonne, ce musée a fait l'objet d'une restructuration architecturale et muséographique complète, aboutissant à sa réouverture au public en 2020. L'établissement se positionne comme un pôle scientifique et mémoriel de référence dans le Sud-Ouest. Il a pour mission de conserver, d'étudier et de transmettre l'histoire des années noires (1939-1945) à l'échelle locale et nationale. Le parcours permanent explore la montée des totalitarismes, l'effondrement de la République, le régime de Vichy, ainsi que l'organisation structurée de la Résistance toulousaine. Une attention particulière est portée à la multiplicité des acteurs locaux, incluant les réseaux de renseignement, les maquisards, et le rôle fondamental des exilés antifascistes et républicains espagnols dans la libération de la région.