Installé au cœur de Nantua, dans le bâtiment de l'ancienne prison de la ville, ce musée départemental offre un témoignage saisissant sur les années noires de la Seconde Guerre mondiale. Le choix de ce lieu n'est pas anodin, l'édifice ajoutant une dimension profondément émotionnelle à la visite. Sur plusieurs niveaux, le parcours muséographique retrace chronologiquement la vie quotidienne sous l'Occupation, la constitution des puissants Maquis de l'Ain et du Haut-Jura, et les opérations coup de poing menées par les maquisards. Une place centrale est notamment accordée au célèbre et audacieux défilé des maquisards le 11 novembre 1943 à Oyonnax. Le musée aborde également avec beaucoup de pudeur la terrible répression nazie et milicienne, les rafles, et la tragédie de la Déportation.