Installé au cœur de la majestueuse Citadelle édifiée par Vauban, ce musée est l'un des plus importants et des plus poignants de France sur la Seconde Guerre mondiale. Entièrement repensé et rouvert à l'automne 2023 après plusieurs années de travaux, il propose une muséographie ultra-moderne répartie sur 20 salles. Le parcours retrace la montée des totalitarismes, l'Occupation, la Résistance (particulièrement active en Franche-Comté, région frontalière), la Répression et la Déportation. Le lieu est intimement lié à l'histoire du site : 100 résistants francs-comtois ont été fusillés au sein même de la Citadelle, et le glaçant "poteau des fusillés" y est d'ailleurs conservé. Le musée abrite également une collection unique et bouleversante d'art concentrationnaire (dessins, statuettes) réalisée par des déportés.