Le CHRD est installé de manière hautement symbolique dans les bâtiments de l'ancienne École de Santé Militaire de Lyon. De 1943 à 1944, ces mêmes locaux furent réquisitionnés par la Gestapo pour en faire son quartier général sous les ordres du tristement célèbre Klaus Barbie. Aujourd'hui, ce musée majeur propose une immersion poignante dans le quotidien des Français sous l'Occupation, et plus particulièrement à Lyon, véritable carrefour de la Résistance (du fait de sa position géographique près de la ligne de démarcation et de ses traboules facilitant la clandestinité). L'exposition permanente "Lyon dans la guerre, 1939-1945" aborde à travers une scénographie moderne et sombre la propagande, la pénurie, l'organisation des réseaux clandestins, la traque des Juifs et des résistants, ainsi que la Déportation.